La colonoscopia convencional esta considerada la técnica estándar para la evaluación colonica. Sin embargo la práctica de una colonoscopia convencional no garantiza que se encuentren los pólipos. En estudios realizados por endoscopistas con un experiencia superior a las 25.000 colonoscopias, practicando dos colonoscopias en el mismo paciente demostraron que la tasa de fallo general fue del 24% en la detección de pólipos de los cuales 13% fueron para pólipos de 9mm de diámetro y 6% para pólipos de 1 Omm de diámetro o mayores. Además, este procedimiento consume más tiempo, es incompleto en hasta un 10% de los casos y cuando un lesión es identificada tiene solo un 86% de eficacia en localización precisa de la lesión en un segmento colonico particular.
La colonscopia convencional puede producir daños en el colon (laceraciones o perforación), y complicaciones relacionadas con la sedación. Es considerado un procedimiento de riesgo en pacientes mayores con enfermedades concomitantes, y puede, en salas de endoscopias de bajos estandartes, causar contagio de enfermedades infecciosas.